Der FC Issing hat in der Saison 2024/2025 sechs Jugendmannschaften im Spielbetrieb. Dies sind F, E, D, C, B-Junioren und B-Juniorinnen. Die B-Junioren-Mannschaft spielt in einer Spielgemeinschaft mit dem FC Hofstetten, die C-Junioren in einer Spielgemeinschaft mit dem FC Dettenschwang und dem FC Thaining. Die B-Juniorinnen treten in einer Spielgemeinschaft mit dem SV Fuchstal an. Zudem gibt es noch eine G-Jugend, die aber nur Freundschaftspiele durchführt.
Bei Fragen rund um den Nachwuchsspielbetrieb stehen Ihnen die Jugendleiter gerne zu Verfügung.
1. Jugendleiter: Christian Bräu (Kontakt: siehe Vorstand)
2. Jugendleiter: Dieter Kreitmair (Kontakt: siehe Vorstand)
3. Jugendleiter: Sebastian Kastl (Kontakt: siehe Vorstand)